Il muco svolge funzione protettiva verso agenti patogeni che possono essere nell'ambiente e a volte la sua secrezione è talmente abbondante da fare diventare il pesce viscido (anguilla) ed inafferrabile con le mani.

La pelle dei pesci è una membrana semipermeabile che regola l'equilibrio osmotico tra sangue e acqua esterna. Poiché il sangue di quasi tutti i pesci possiede una concentrazione inferiore a quella dell'acqua del mare, potrebbe accadere che i pesci d'acqua dolce si raggrinzerebbero in mare e i pesci marini si gonfierebbero in acqua dolce.
Grazie al muco, che copre e impermeabilizza la pelle,  i pesci eurialini, però, possono passare dall'acqua dolce a quella salata del mare. Comunque, una variazione, in maniera più controllata, della concentrazione del sangue avviene lo stesso attraverso le pareti dei capillari presenti nelle branchie e nelle membrane della bocca, perché non protetti dal muco.
Il muco, probabilmente, svolge anche la funzione di protezione dei tessuti muscolari, regolando il contenuti di liquidi,  ed isolamento dall'ambiente, sia in acqua sia fuori dall'acqua.
Il muco è prodotto da cellule ghiandolari poste nello spessore della pelle e può essere velenoso anche per l'uomo. Alcune specie posseggono vere e proprie ghiandole velenose in comunicazione con aculei dell'opercolo, spine delle pinne o della coda.